Năm 1649, cha Morales trở lại Trung Quốc mang theo sắc lệnh 1645 của đức Innocent X cấm thờ cúng tổ tiên và trao cho bề trên dòng Tên. Thấy vậy, dòng Tên sai cha Martinez đem vấn đề lễ nghi Trung Hoa trình bày một cách khéo léo và xin Tòa thánh xem xét lại. Ngày 23.6.1656, Alexander VII đã ký một sắc lệnh khác sau khi nghe tòa Truy tà phúc trình. Sắc lệnh cho phép thi hành những lễ nghi mà cha Martinez đã trình bày "nếu cha Martinez (SJ) trình bày đúng sự thật".

Ông đã chứng duyệt sự lên án phái Jansenius đã được Innôcentê X công bố và đặt quyển Lettres provinciales của Pascal vào mục lục sách cấm. Ông đã đại diện chính quyền Giáo hoàng trong các cuộc thương thuyết chuẩn bị cho hiệp ước Westphalia chấm dứt chiến tranh ba mươi năm.